الطفرة العكسية
Reversion mutation
الطفرة العكسية هي تلك التي يتغير خلالها الطابع الظاهري من الشكل الطافر إلى الطبيعي والطفرات العكسية على نوعين:
- طفرة الموقع الواحد وفيها تحدث الطفرة العكسية في نفس المكان الذي حدثت فيه الطفرة الطبيعية.
- أما النوع الثاني فتحدث فيه الطفرة العكسية في مكان غير الذي حدثت فيه الطفرة الطبيعية تسبب عودة ظهور النمط الطبيعي من جديد.
أي أن الطفرة الثانية كبتت الطفرة الأولى وقد تحدث الطفرة الكابتة ضمن نفس المورثة في قاعدة مختلفة تعيد النمط الطبيعي (1،2، 12).
---------------------------
استفاد المرضى الذين يعانون من سرطانات الثدي أو المبيض التي تحتوي على طفرات BRCA1 / 2 سريريًا من العلاج باستخدام مثبطات بوليميريز بولى (ADP-ribose) أو مركبات البلاتين، ولكن المقاومة المكتسبة لهذه العلاجات يمكن أن تحد من الفائدة السريرية.
يمكن أن تؤدي مجموعة متنوعة من التعديلات الجينومية إلى فقدان نشاط BRCA1 / 2، بما في ذلك التعديلات الهراء أو تغيير الإطارات وإزالة الجينوم على نطاق واسع أو إعادة ترتيبها.
حددت الدراسات السابقة طفرات ثانوية في كلا BRCA1 / 2 تستعيد، على الأقل جزئيًا، إمكانيات الإصلاح المتماثل وتسمح للأورام بالهروب من تثبيط PARPi أو العلاجات القائمة على البلاتين (Wang et al.، 2016a، Wang et al.، 2016b، Drost وآخرون، 2016، بومان وجونكرز، 2014).
يمكن أن يؤدي اكتشاف تغيرات الارتداد هذه في BRCA1 / 2 بعد تطور المرض بعد العلاج باستخدام PARPi أو مركبات البلاتين إلى توفير معلومات قيمة يجب مراعاتها عند تعديل خطط العلاج.
نحن هنا تقرير اكتساب طفرة ارتداد في BRCA1 بعد علاج سرطان المصل المصلي مع كل من العلاج البلاتيني و PARPi olaparib.
تم الكشف عن هذه الطفرة من تعميم الحمض النووي للورم باستخدام اختبار تسلسل الجيل القادم القائم على الدم والذي لم يتطلب خزعة الأنسجة للتحليل.
الطرق:
تم إجراء التنميط الجيني الشامل (FoundationOne® ، Foundation Medicine، Inc.، كامبريدج، ماساتشوستس) لعينة ما قبل المعالجة التي تم الحصول عليها أثناء الاستئصال الجراحي كما هو موضح سابقًا.
كانت العينة المتسلسلة من الثقب، وكانت واحدة من العديد من مواقع الورم المرصودة بما في ذلك الرباط الصليبي، الصفاق، جدار الحوض، أسطح المبيض والانبوب الثنائية، القولون الجانب المصلي والمستقيم، الأمعاء الدقيقة ونقص الدم.
باختصار، تم استخراج الحمض النووي من 40 ميكرون من المقاطع المضمّنة من الفورمالين، وأجري CGP على مكتبة قائمة على التقاط هجينة مكونة من 315 جينًا، بالإضافة إلى 28 نوعًا من الإنترونات التي تم إعادة ترتيبها بشكل متكرر في السرطان.
وقد تم تحليل البيانات تسلسل لفئات ذات الصلة سريريا من التعديلات الجينومية، بما في ذلك بدائل زوج قاعدة، والإدخالات / الحذف، تعديلات عدد النسخ ، وإعادة ترتيب.
في وقت التقدم بعد العلاج باستخدام olaparib (400 ملغ BID)، تم إجراء اختبار التنميط الجيني DNA (ctDNA) التعميمي (FoundationACT ™ ،Foundation Medicine، Inc. ، Cambridge ، MA) لتقييم آليات المقاومة المحتملة وإبلاغ الإستراتيجية العلاجية المستقبلية للمريض.
تم التحقق من صحة الفحص وفقا لتعديل التحسن السريري للمختبر (CLIA) وأجري على النحو التالي.
تم جمع اثنين من قسامة 10 مل من الدم الكامل المحيطي في أنابيب لجمع الدم خالية من الخلايا الحمض النووي.
تم استخدام بروتوكول الدوران المزدوج لعزل البلازما، وتم استخراج 50 نانوغرام إلى 100 نانوغرام من ctDNA لإنشاء مكتبة تسلسل معدلة قبل التقاط هجين وتسلسل العينة المضاعف على تسلسل Illumina HiSeq 2500 (Illumina ، سان دييغو، كاليفورنيا).
يقيّم الفحص 62 جينًا إلى × 5000 تغطية فريدة ويمكنه تحديد التغييرات على ترددات أليل منخفضة (0.1٪ للبدائل ، 1٪ للإندلس وإعادة الترتيب، و 20٪ لتضخيمات رقم النسخ).
هذه الجينات 62 هي مجموعة فرعية من تلك استجوابهم مع مقايسة القائم على الأنسجة.
يمثل تردد أليل متحولة (MAF) للمقايسة المستندة إلى الأنسجة نسبة الحمض النووي التي تم الحصول عليها من الورم المحتوي على طفرة والتي تم إجراء الخزعة عليها.
في الدم، MAF يمثل النسبة المئوية ل ctDNA في مجرى الدم الذي يؤوي الطفرة في يوم ووقت معين.
لهذا السبب، لا يمكن مقارنة MAF لفحص الأنسجة وفحوصات ctDNA مباشرة.
السعر المدرج لكل اختبار هو 5800 دولار، على الرغم من أن التكلفة الفعلية ستختلف تبعا للظروف.
تم الحصول على موافقة لهذه الدراسة، بما في ذلك التنازل عن الموافقة المستنيرة والتنازل عن HIPAA من الترخيص، من مجلس المراجعة المؤسسية الغربية.
Reversion mutation
- طفرة الموقع الواحد وفيها تحدث الطفرة العكسية في نفس المكان الذي حدثت فيه الطفرة الطبيعية.
- أما النوع الثاني فتحدث فيه الطفرة العكسية في مكان غير الذي حدثت فيه الطفرة الطبيعية تسبب عودة ظهور النمط الطبيعي من جديد.
أي أن الطفرة الثانية كبتت الطفرة الأولى وقد تحدث الطفرة الكابتة ضمن نفس المورثة في قاعدة مختلفة تعيد النمط الطبيعي (1،2، 12).
---------------------------
استفاد المرضى الذين يعانون من سرطانات الثدي أو المبيض التي تحتوي على طفرات BRCA1 / 2 سريريًا من العلاج باستخدام مثبطات بوليميريز بولى (ADP-ribose) أو مركبات البلاتين، ولكن المقاومة المكتسبة لهذه العلاجات يمكن أن تحد من الفائدة السريرية.
يمكن أن تؤدي مجموعة متنوعة من التعديلات الجينومية إلى فقدان نشاط BRCA1 / 2، بما في ذلك التعديلات الهراء أو تغيير الإطارات وإزالة الجينوم على نطاق واسع أو إعادة ترتيبها.
حددت الدراسات السابقة طفرات ثانوية في كلا BRCA1 / 2 تستعيد، على الأقل جزئيًا، إمكانيات الإصلاح المتماثل وتسمح للأورام بالهروب من تثبيط PARPi أو العلاجات القائمة على البلاتين (Wang et al.، 2016a، Wang et al.، 2016b، Drost وآخرون، 2016، بومان وجونكرز، 2014).
يمكن أن يؤدي اكتشاف تغيرات الارتداد هذه في BRCA1 / 2 بعد تطور المرض بعد العلاج باستخدام PARPi أو مركبات البلاتين إلى توفير معلومات قيمة يجب مراعاتها عند تعديل خطط العلاج.
نحن هنا تقرير اكتساب طفرة ارتداد في BRCA1 بعد علاج سرطان المصل المصلي مع كل من العلاج البلاتيني و PARPi olaparib.
تم الكشف عن هذه الطفرة من تعميم الحمض النووي للورم باستخدام اختبار تسلسل الجيل القادم القائم على الدم والذي لم يتطلب خزعة الأنسجة للتحليل.
الطرق:
تم إجراء التنميط الجيني الشامل (FoundationOne® ، Foundation Medicine، Inc.، كامبريدج، ماساتشوستس) لعينة ما قبل المعالجة التي تم الحصول عليها أثناء الاستئصال الجراحي كما هو موضح سابقًا.
كانت العينة المتسلسلة من الثقب، وكانت واحدة من العديد من مواقع الورم المرصودة بما في ذلك الرباط الصليبي، الصفاق، جدار الحوض، أسطح المبيض والانبوب الثنائية، القولون الجانب المصلي والمستقيم، الأمعاء الدقيقة ونقص الدم.
باختصار، تم استخراج الحمض النووي من 40 ميكرون من المقاطع المضمّنة من الفورمالين، وأجري CGP على مكتبة قائمة على التقاط هجينة مكونة من 315 جينًا، بالإضافة إلى 28 نوعًا من الإنترونات التي تم إعادة ترتيبها بشكل متكرر في السرطان.
وقد تم تحليل البيانات تسلسل لفئات ذات الصلة سريريا من التعديلات الجينومية، بما في ذلك بدائل زوج قاعدة، والإدخالات / الحذف، تعديلات عدد النسخ ، وإعادة ترتيب.
في وقت التقدم بعد العلاج باستخدام olaparib (400 ملغ BID)، تم إجراء اختبار التنميط الجيني DNA (ctDNA) التعميمي (FoundationACT ™ ،Foundation Medicine، Inc. ، Cambridge ، MA) لتقييم آليات المقاومة المحتملة وإبلاغ الإستراتيجية العلاجية المستقبلية للمريض.
تم التحقق من صحة الفحص وفقا لتعديل التحسن السريري للمختبر (CLIA) وأجري على النحو التالي.
تم جمع اثنين من قسامة 10 مل من الدم الكامل المحيطي في أنابيب لجمع الدم خالية من الخلايا الحمض النووي.
تم استخدام بروتوكول الدوران المزدوج لعزل البلازما، وتم استخراج 50 نانوغرام إلى 100 نانوغرام من ctDNA لإنشاء مكتبة تسلسل معدلة قبل التقاط هجين وتسلسل العينة المضاعف على تسلسل Illumina HiSeq 2500 (Illumina ، سان دييغو، كاليفورنيا).
يقيّم الفحص 62 جينًا إلى × 5000 تغطية فريدة ويمكنه تحديد التغييرات على ترددات أليل منخفضة (0.1٪ للبدائل ، 1٪ للإندلس وإعادة الترتيب، و 20٪ لتضخيمات رقم النسخ).
هذه الجينات 62 هي مجموعة فرعية من تلك استجوابهم مع مقايسة القائم على الأنسجة.
يمثل تردد أليل متحولة (MAF) للمقايسة المستندة إلى الأنسجة نسبة الحمض النووي التي تم الحصول عليها من الورم المحتوي على طفرة والتي تم إجراء الخزعة عليها.
في الدم، MAF يمثل النسبة المئوية ل ctDNA في مجرى الدم الذي يؤوي الطفرة في يوم ووقت معين.
لهذا السبب، لا يمكن مقارنة MAF لفحص الأنسجة وفحوصات ctDNA مباشرة.
السعر المدرج لكل اختبار هو 5800 دولار، على الرغم من أن التكلفة الفعلية ستختلف تبعا للظروف.
تم الحصول على موافقة لهذه الدراسة، بما في ذلك التنازل عن الموافقة المستنيرة والتنازل عن HIPAA من الترخيص، من مجلس المراجعة المؤسسية الغربية.
التسميات
طفرة وراثية